Kiểm định chất lượng giáo dục là hoạt động hướng đến sự công khai, minh bạch về chất lượng giáo dục và các điều kiện bảo đảm chất lượng giáo dục, do vậy quy trình thực hiện phải rất chặt chẽ. Việc đánh giá phải thực hiện dựa trên các minh chứng cụ thể và chi tiết.
Thông tư số 42/2012/TT-BGDĐT của Bộ Giáo dục và Đào tạo quy định quy trình kiểm định chất lượng giáo dục bao gồm: Tự đánh giá của cơ sở giáo dục; đăng ký đánh giá ngoài của cơ sở giáo dục; đánh giá ngoài cơ sở giáo dục; công nhận cơ sở giáo dục đạt tiêu chuẩn chất lượng giáo dục và cấp giấy chứng nhận chất lượng giáo dục. Quy trình này đã được nghiên cứu kỹ lưỡng và đã được đơn giản hóa so với quy trình kiểm định chất lượng giáo dục ban hành theo Quyết định số 83/2008/QĐ-BGDĐT ngày 30/12/2008. Đây là quy trình cơ bản nhất được nhiều nước trên thế giới áp dụng.
Tuy nhiên, trong thời gian qua, một số cơ quan quản lý giáo dục ở địa phương và một số nhà trường đã hiểu và thực hiện Thông tư 42 chưa đúng. Bộ Giáo dục và Đào tạo đã chỉ đạo Sở Giáo dục và Đào tạo các địa phương rút kinh nghiệm vấn đề này. Ngoài ra, Bộ sẽ tiếp tục nghiên cứu, xem xét trong công tác chỉ đạo để kiểm định chất lượng giáo dục được thực hiện một cách thuận tiện, trở thành một giải pháp quản lý quan trọng, góp phần nâng cao chất lượng giáo dục.