Như báo chí những ngày gần đây đã phản ánh, 3 hạng mục tại Di tích Quốc gia chùa Trăm Gian đã bị hạ giải và làm mới gồm: nhà Tổ, gác Khánh và bậc cấp bằng đá trước sân Tiền đường. Hiện tại, nhà Tổ đã lợp ngói xong, gác Khánh dựng xong phần gỗ, chưa lợp mái, bậc cấp bằng đá trước sân Tiền đường cũng đã hoàn thành. Theo báo cáo của UBND huyện Chương Mỹ, việc sư thầy trụ trì tự ý cho tháo dỡ nhà Tổ và gác Khánh khi chưa có văn bản chỉ đạo của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép là vi phạm các quy định về bảo quản, tu bổ và phục hồi di tích. Để xảy ra tình trạng trên, trách nhiệm quản lý nhà nước trên địa bàn, UBND huyện thừa nhận, công tác quản lý di tích còn lỏng lẻo, chưa sâu sát, không phát hiện sớm đối với sai phạm; công tác tuyên truyền, phổ biến giáo dục pháp luật, đặc biệt là Luật Di sản văn hóa, Quy chế về bảo quản tu bổ, phục hồi di tích chưa thường xuyên, liên tục, nhất là với UBND xã Tiên Phương, Ban quản lý di tích chùa Trăm Gian và các vị chức sắc tu hành và đông đảo nhân dân... UBND huyện Chương Mỹ đã chỉ đạo kiểm điểm, xử lý nghiêm đối với cá nhân và tập thể liên quan...
Về phần mình, Sở VH, TT và DL Hà Nội cho biết, ngày 12.9, Hội đồng tư vấn tu bổ, tôn tạo và phục hồi hạng mục nhà Tổ, gác Khánh và bậc cấp bằng đá trước sân Tiền đường của di tích chùa Trăm Gian đã kiểm tra, khảo sát thực tế tại di tích; nghiên cứu hồ sơ báo cáo kiểm kê phân loại bước đầu do Viện Bảo tồn di tích lập và thảo luận đề xuất phương án tu bổ, phục hồi các hạng mục. Hội đồng đề nghị Viện Bảo tồn di tích tiếp tục nghiên cứu làm rõ thêm một số vấn đề để Sở VH, TT và DL có cơ sở báo cáo UBND thành phố Hà Nội thực hiện Quy hoạch tổng thể bảo tồn, tôn tạo và phát huy giá trị di tích chùa Trăm Gian trong thời gian tới, năm 2013 - 2014.
Đoàn khảo sát khẳng định, việc hạ giải và làm mới 3 hạng mục tại chùa Trăm Gian đã vi phạm các quy định tại Điều 34 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Di sản văn hóa về bảo quản, tu bổ, phục hồi di tích. Tuy nhiên, vấn đề quan trọng nhất hiện nay là hướng phục hồi các hạng mục như thế nào. Đoàn khảo sát đề nghị các cơ quan chuyên môn ở địa phương cũng như Bộ VH, TT và DL tham gia quá trình phục hồi các hạng mục trên sâu sát hơn, không để lại tiếng xấu cho chùa Trăm Gian như thời gian qua; đồng thời cân nhắc để tránh lãng phí thêm một lần nữa.