Thực hiện chủ trương kích cầu của UBND thành phố, từ đầu năm 2000, Bệnh viện là đơn vị đầu tiên của Ngành Y tế thành phố được đầu tư xây dựng mới (giai đoạn 1) với tổng vốn 82 tỷ đồng. Hệ thống xử lý nước thải được xây dựng và đưa vào hoạt động từ năm 1999 với công suất thiết kế 300m3/ngày đêm. Qua 8 năm hoạt động, hệ thống xử lý nước thải hiện đã không đáp ứng được yêu cầu phát triển mới của bệnh viện. Việc thực hiện cơ chế tự chủ tài chính đã tạo điều kiện nâng cao chất lượng công tác khám chữa bệnh cho nhân dân và tăng nguồn thu cho đơn vị. Tuy nhiên, còn một số khó khăn như: Bệnh viện hiện chưa có quy hoạch chi tiết tổng mặt bằng, giá viện phí chưa phù hợp với tình hình thực tế, cơ sở vật chất chật hẹp.