Đa số các ý kiến cho rằng, biên độ khung thuế suất rộng, thuế suất trong cùng một nhóm tài nguyên chưa hợp lý và đề nghị tăng thuế suất đối với tài nguyên không tái tạo được; bổ sung một điều khoản quy định về xử lý vi phạm và khen thưởng. Nhiều ý kiến cho rằng dự Luật còn mang tính chất khung; số lượng các quy định giao cho Chính phủ hướng dẫn thi hành nhiều, chưa bảo đảm tính cụ thể. Nhiều ý kiến đề nghị nên sửa tên Luật thành Luật Thuế khai thác tài nguyên; đồng thời, yêu cầu giải thích một số thuật ngữ và bố cục lại các quy định trong dự thảo Luật.