Theo Báo cáo giải trình, chỉnh lý tiếp thu dự án Luật ngân sách nhà nước, để thực hiện được các quy định của Hiến pháp, bảo đảm đồng bộ với Luật tổ chức chính quyền địa phương và khắc phục các tồn tại, dự thảo Luật mới đã hoàn thiện các quy định có liên quan, như bổ sung một số quy định tại Điều 44 về trách nhiệm của các cơ quan, đơn vị trong việc lập dự toán ngân sách hàng năm và Điều 45 về thảo luận và quyết định dự toán ngân sách nhà nước, phương án phân bổ ngân sách trung ương hàng năm.
Cho ý kiến về vấn đề này, đại biểu Thân Đức Nam-Đà Nẵng cho rằng, chúng ta đang duy trì tính chất ngân sách Nhà nước lồng ghép, nhưng trong phạm vi có thể, cần minh bạch hơn về quyền và trách nhiệm của chính quyền địa phương; tăng tính tự chủ, tự chịu trách nhiệm của chính quyền địa phương trong phạm vi ngân sách được phân quyền.
Đại biểu phân tích, vì tính chất lồng ghép của hệ thống ngân sách nhà nước mà nhiều chi, tiêu, thu, chi của ngân sách cấp dưới do cấp trên ấn định. Điều này đã không khuyến khích cấp dưới cân đối thu, chi, lập dự toán tích cực mà thường xuyên có xu hướng lập dự toán thấp, dự toán chi cao để được nhận hỗ trợ nhiều hơn.
Trên thực tế chính quyền địa phương chỉ được ban quyền về tổ chức thực hiện chi ngân sách còn thẩm quyền quyết định vẫn thuộc về Trung ương.
Đại biểu Đỗ Thị Hoàng-Quảng Ninh bày tỏ, hệ thống ngân sách nhà nước mang tính lồng ghép, dẫn đến thẩm quyền giữa các cấp chồng chéo, quy trình ngân sách phức tạp, phạm vi thu, chi chưa thật rõ ràng, các nguyên tắc phân cấp nguồn thu, nhiệm vụ chi giữa các cấp ngân sách còn nhiều điểm chưa thật phù hợp.
Việc xây dựng dự toán ngân sách chưa đầy đủ, chưa gắn với những nhiệm vụ đầu ra, quy trình về trách nhiệm giải trình chưa cụ thể, các văn bản hướng dẫn thi hành luật còn những hạn chế, ảnh hưởng đến hiệu quả quản lý tài chính.
Do đó, chúng ta cần thiết phải sửa đổi Luật ngân sách để khắc phục những tồn tại của luật hiện hành và đáp ứng yêu cầu đặt ra trong quá trình đổi mới về cơ chế quản lý, cải cách hành chính và hội nhập quốc tế, hướng đến nền tài chính vững mạnh, công khai, minh bạch và hiệu quả.
Đại biểu Trần Du Lịch-Thành phố Hồ Chí Minh cho biết, để góp phần từng bước xóa bỏ tính lồng ghép, đồng thời đơn giản hóa thủ tục công tác lập và chấp hành quyết toán của ngân sách nhà nước, dự thảo Luật nên quy định trung ương giao dự toán cho ngân sách địa phương bao gồm: Chi tiêu, tổng thu, tổng chi, giao cho Hội đồng nhân dân địa phương quyết định bổ sung từng lĩnh vực phù hợp thực tế với địa phương, đảm bảo đúng chính sách, chế độ quy định.
Ngoài ra, trong công tác tổ chức thực hiện, cần bảo đảm chất lượng các quyết định về ngân sách của Quốc hội, cơ quan của Quốc hội, Hội đồng nhân dân các cấp; nâng cao hiệu quả quản lý, khả năng dự báo của Chính phủ sẽ giúp giảm tính hình thức của Quốc hội và Hội đồng nhân dân các cấp trong việc quyết định dự toán ngân sách cũng như các bất cập khác do sự phức tạp, chồng chéo của lồng ghép ngân sách.